El Consejo Consultivo es un órgano colegiado de opinión sobre el desempeño del Organismo y entre sus funciones se encuentra la de proponer programas y mecanismos que contribuyan al respeto, defensa, protección, promoción, estudio, investigación y divulgación de los derechos humanos.
El Consejo Consultivo está integrado por un Presidente, que es el Presidente de la CODHEM, un Secretario Técnico, que es el Secretario General de la Comisión y cinco Consejeros Ciudadanos, uno de ellos debe ser de extracción indígena.
Los Consejeros Ciudadanos son electos por la Cámara de Diputados del Estado de México, con la aprobación de las dos terceras partes de sus integrantes presentes. Durarán en su cargo tres años, con posibilidades de reelegirse por una sola ocasión y por igual periodo.