La Contraloría Interna es la encargada de verificar el adecuado ejercicio del presupuesto de la Comisión, atendiendo a los principios de racionalidad, austeridad y disciplina.
Es una de las áreas cuya labor es la de realizar supervisiones y auditorías así como evaluar el desempeño de las unidades administrativas de la Comisión.
Esta área es la encargada de dar seguimiento a la solventación de las observaciones derivadas de las auditorías realizadas y de verificar la aplicación correcta de las acciones de mejora, derivadas de los resultados de auditorías practicadas a las unidades administrativas de la propia Comisión.
La Contraloría interna también recibe, tramita y resuelve las quejas así como las denuncias que se presenten en contra de los servidores públicos del Organismo.
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